一、白手起家，创建出一个全军重点实验研究基地。
1975年，在那百业待兴的年代，二军大从西安迁回上海，孔宪涛同志带领两位技术人员， 一架显微镜，一个电泳槽，一堆瓶瓶罐罐，搞起了临床免疫研究。1979年他们以“白手起家，因陋就简搞科研”为题，参加了第一届全军科技大会。20余年来，他带领科研人员兢兢业业，努力探索，终于使一个小小的检验室发展成为一个集科研、教学、检验于一体的闻名全国的大型实验基地。－－全军临床免疫中心。现有研究室12个，大型设备50余台，价值700余万元，形成了一个层次高、设备全、课题新、成果多的优势学科群体。作为学科带头人，孔宪涛同志倾注了全部心血。
二、瞄准学科前沿，在科研道路上取得业绩
孔宪涛教授大学毕业后，先从事临床工作，后被调入实验室搞科研，他认为党教育多年，应是为国效劳的时候了。他发奋图强，外出学外语，进修学专业，图书馆查资料，计划大干一场。但未料到一场“史无前例”的文化大革命一晃就是十年。对已过不惑之年的孔宪涛同志来说，加速前进，已是迫在眉睫。他首先选择了免疫球蛋白分子病这一新领域，在不到五年时间制备了40余种新的试剂，完善了球蛋白分子病的诊断技术。1977年发现我国首例免疫球蛋白轻链病，并在以后的五年内连续发现γ重链病、IgA半分子病和μ重链病。
1981年开始，孔宪涛同志又带领他的学生开始了第二个主攻课题－－肝硬化形成机制的研究，经14年艰苦不懈的努力，到1995年为止前后获军队一等奖二项，二等奖四项，国家三等奖一项。以上两个领域，目前已在国内处于先进水平，现正孕育着新的更大的突破。
孔宪涛同志在专业方面主要有如下三大方面的成就:
(一) 免疫球蛋白分子病研究
(二) 慢性肝病研究
(三) 免疫学技术应用研究
孔宪涛成名了, 在他还是副教授时, 就被批准为博士生导师,从此他的研究工作更繁忙了, 他的研究领域更宽了, 对自己的要求也更高了。
三、教书育人，为我军培养大批高层次人才
孔宪涛同志1980年成为硕士生导师，1985年申请到消化内科博士点，1988年专门成立实验诊断教研室，并担任主任。多年来，他孜孜以求，诲人不倦，在研究生教育、大学教育、成人教育等方面取得了令人赞叹的成绩。他指导的硕士和博士中先后多人取得上海银蛇奖（上海卫生系统最高奖），巾帼奖，军队及国家一、二、三等奖，其中3人参加过全国首届青年优秀论文报告会（人民大会堂），有3人破格晋升正教授，其中27岁我军最年青的教授就是孔教授的博士研究生。王红阳，曹雪涛二位院士也曾是孔宪涛教授的学生。
指导研究生是一项困难而复杂的系统工程，打基础、选课题、找条件，一步一步地向前走，一点一滴地领着干，一层一层地教技术，一字一句的改文章，三年期间既是导师，又是保姆，既是领导，又是朋友。孔宪涛同志就是这样做的，因此受到全部毕业研究生的极大敬重和爱戴。
四、勤奋出智慧、勤奋出成果
勤奋思考、敢于假设、善于联想是他对勤奋的第一个理解。思考是人的特征, 但遇事苦苦思索至此则不是所有人都能做到的。如他对分子病这个题目, 早认为外国有这种病我国肯定会有, 只是不认识和检查水平低而已。为此, 他朝思暮想，如痴人一般，上苍终于为他“不达目的誓不休”的执着所感动，在梦中赐予了他入门的金钥匙。实际上，根据心理学的观点，梦境是人类潜意识在活动，由于孔宪涛全身心的投入，竟将潜意识的思维能量也开掘出来共同参与医学研究了，听上去有点象天方夜谭吧？然而“勤奋”变幻出的“不凡”在孔宪涛的经历中却是铮铮的事实。联想是遇到一件事物, 看到某一现象时多想想这意味着什么, 其背后还可能有什么问题。 例如他遇见可疑的IgA变化很怪异,就抓住这一特点, 作了多种推论, 大量查取资料, 经过多方证实, 终于作出了IgA半分子病的正确诊断。一次次突如其来的联想常使得自行车上的孔宪涛处于极危险的境地，用险象环生”来形容实不为过，他的老伴为此不得不明令禁止他骑车上下班，真是“用心良苦”。勤奋收集各种信息、集国内外各种资料来丰富自己的学识, 这是一位科研工作者应具备的素质。有人说, 孔宪涛同志知识渊博, 是问不倒的老师。他为什么有这么多的学识呢？ 除了下面将提到的 多干之外, 最重要的一点是勤读书, 勤收集各种有用的资料。为了做到这点, 他多少年来很少有休息天, 更没有什么业余时间, 每天除睡眠5-6小时之外, 其余大多用于苦读书籍杂志。 另外, 他也勤动腿, 跑出去收集信息, 观察动态。因此, 在临床免疫学方面, 他确实成了资料库。勤奋动手、理论结合实际, 既会讲又会做, 使学识更实在扎实。
孔宪涛同志之所以在短短的时间内作出如此大的成绩, 有丰富的实践知识是重要的方面。由于有了丰富的经验, 对于免疫球蛋白的各种变化了如指掌, 能很快地抓住疑点, 深追细究, 自己动手做实验, 直至作出满意的回答。他们所发现的几例罕见病, 他几乎都动手做过实验。也就由于此, 他的科研设计, 为研究生确定的课题, 皆获得极大的成功。
勤奋出智慧、勤奋出成果,他近20余年来已取得国家级二等奖一项、军队级一等奖一项、二等奖10项、三、四等奖多项。为此他也获得了多项荣誉称号, 如全军优秀科技工作者, 全军优秀党员、全国优秀教师、第一批政府特殊津贴获得者、有突出贡献的优秀中青年科学家等称号,这些都记载着孔宪涛同志辛勤的途径, 描述着他智慧的轧迹。
孔宪涛教授如今已年近八旬,但他仍活跃在科研领域中、热心地为后辈们传道授业解惑。昔日孔老夫子弟子中有72大贤, 如今,孔宪涛教授已远远超过了他的老祖宗。
