孔氏南宗世系由四十八代衍圣公孔端友开始，第四十九代孙孔玠，字锡老，端友弟端操子，过继于端友为嗣。
第五十代孔搢，字季绅，玠子。
五十一代孔文远，字绍先，搢子。
五十二代孔万春，字耆年，文远子。
五十三代孔洙，字思鲁，一字景清，号存斋。万春子。
    元至元十九年（1282）世祖忽必烈议立孔子后，众臣皆以寓衢者为大宗。遂召衍圣公孔洙赴阙，欲令其载爵回曲阜主持奉祀。孔洙以先世庙墓在衢，不忍离去，毅然让爵于曲阜宗弟孔治，并以母老为由，乞求南还。世祖赞曰：“宁违荣而不违道，真圣人后也。”拜孔洙为承务郎、国子监祭酒兼提举浙东学校，给俸养廉，并予护持林庙玺书。正宗之罢封自此始。
第五十四世孙孔思许，先名公许，字与道。孔洙无子，以孔传（即孔若古）六世孙孔津长子思许为嗣。
五十五世孙孔克忠，先名宏，字信夫，一字献夫。思许亦无子，以兄思俊子克忠为嗣，
五十六世孙孔希路，又作希辂，原名希鲁，字士正，克忠子。
五十七世孙孔议，字明伯。希路无子，以孔传九世孙希斌子议为嗣。
五十八世孙孔公诚，字贵文，议子。
五十九世孙孔彦绳，字朝武，公诚子。
    衢州知府沈杰奏请朝廷于正德元年授孔彦绳为将仕郎，世袭翰林院五经博士，是为孔氏南宗再次受袭封之始。